10x Visium HD空间转录组

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      空间转录组

      10x Visium HD 空间转录组测序

      10x Visium HD空间转录组测序—单细胞级别无间隔检测,全景分析零死角

      • Visium HD 空间基因表达技术代表了高分辨率空间 转录组学的前沿。它顺利获得单细胞级分辨率给予全转录组数据,结合新型载玻片结构和 Visium CytAssist 支持的工作流程,从人类或小鼠组织样本中获取高质量数据。自上市以来,Visium HD 展现了强大的发现能力,该平台现可兼容石蜡包埋(FFPE)样本和新 鲜冰冻(FF)样本,能够多样化地挑选符合研究需求的样本,助力研究人员深入理解生物样本的复杂性和功能。

      技术路线

      • 探针杂交

        针对人(>18000基因)和小鼠(>20000基因)mRNA设计特异性探针,每个探针分为左侧探针(LHS)和右侧探针(RHS)两部分:LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列,RHS 包含特异性序列和polyA序列。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后,连接形成完整的探针序列。再经过透化等过程,将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸,最终构建成完整的文库。
      • 10x Visium HD玻片

        10x Visium HD玻片上的Oligo序列与探针的ployA序列结合和延伸,形成含带有barcode的核酸片段,再连接测序接头。
        10x Visium HD载玻片包含2个捕获区域(对应2张切片),可制备2个转录组文库;
        每个捕获区域面积为6.5 mm x 6.5 mm, 约有1100000个检测位点;
        每个检测位点直径2 μm,含有大量UMI标签,可以实现单细胞级别检测;

      信息分析

    1. 根据空间基因表达谱探究不同细胞类型的位置和功能信息
    2. 空间拟时序分析可展示组织微环境下的细胞分化轨迹
    3. 利用基因表达差异数据揭示组织异质性
    4. 探究空间背景下细胞间的相互作用关系
    5. 顺利获得差异基因筛选细胞或疾病的marker基因
    6. 富集分析可展示在特定条件下富集的生物学功能或基因通路
    7. 应用方向

      • 肿瘤学:

        肿瘤微环境、肿瘤异质性、疾病进展、癌症形态、三级淋巴结构
      • 免疫学:

        免疫细胞浸润、免疫细胞基因表达特征、免疫细胞传播
      • 发育生物学:

        人类发育过程中空间位置表达、发现组织中与形态相关的基因
      • 神经科学:

        绘制脑部细胞层、解析正常和病变区域表达特征
      • 病理学:

        增加表达维度的形态学结论、基因表达验证病理准确性

      拓展材料

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